铁死亡数据库保姆级教学
铁死亡他又又又来啦，这个热点实在是太受关注了，让人无法拒绝（上一次研究铁死亡方向还是在上一次）
不知道大家有没有用过FerrDB这个铁死亡数据库,为了跟上铁死亡的研究进度提供高质量的最及时数据，在数据库作者的努力下，今天要给大家介绍的FerrDB V2就诞生啦！（感谢大佬）
我们先来看一下近两年铁死亡热点有多热
▲22年铁死亡相关文章一共有3165篇,23年截止到今天已有1584篇相关文章（数据来自于pubmed），铁死亡相关研究也在不断被发掘更新。
▲20年到现在累计已有158篇文章引用了这个数据库。
而在V2版本数据库中，收录了621个铁死亡相关基因（264个驱动基因、238个抑制基因、9个标记基因和110个未分类的基因）和201个铁死亡诱导剂与179个抑制剂。并且数据库的数据每半年就会更新，以保持数据的前沿性.
话不多说有请今天的主角：FerrDB V2闪亮登场~
数据库使用方法
嘉宾名称：FerrDB V2
网址：http://www.zhounan.org/ferrdb/current/
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一. 首页
输入网址，进入首页我们可以看到数据库简介和数据量情况
往下滑动可以看到六大基因分类模块
点击Browse，我们搜一个CPEB1，可以看到CPEB1是铁死亡的驱动基因
2.数据库检索
点击导航页的Browse，选择想要研究的基因类型，在搜索框搜索我们感兴趣的基因
我这里选择了驱动基因，检索了CPEB1
在检索结果中点击基因名可以进入基因详情页，左边就是基因的描述，中间显示了来自HGNC数据库的信息，右边是来自Protein数据库的信息以及AlphaFold数据库的三维蛋白结构
点击VIEW可以查看基因在铁死亡的作用途径
3.数据下载
那么如何下载铁死亡相关调节基因列表呢，我们点击导航栏的Download，选择需要的基因类型，再选择数据文件的格式点击下载就可以获得一个能用EXCEL打开的数据文件啦~
4.在线分析
另外，铁死亡数据库还提供了在线分析的功能（敲黑板），点击UNilities可以直接在网站实现基础的调控网络、富集分析、（相关性分析、差异分析还在开发中）
01
regulation network
铁死亡调控网络，点击regulation network进入页面，先选择基因类型（驱动基因还是抑制基因），就可以看到所有铁死亡相关基因的网络，在页面左上方搜索我们想要的基因，会高亮显示
点击我们想要的基因,就可以看到这个基因的调控子网络
02
Enrichment analysis
富集分析，点击Enrichment analysis，导入示例数据， Identifier type选择基因名类型，Enrichment category选择富集分析方法，点击Analyze，结果展示目标基因列表与铁死亡诱导基因、抑制基因及标志基因的富集情况，
03
EDG landscap
此外点击EDG landscape还可以查看差异表达的铁死亡基因调节因子，以1型糖尿病为例，左边表示不同表达的铁死亡基因的层次结构，右边表示糖尿病患者和健康对照组之间所有基因的差异性表达。下方的表格为所有铁死亡基因的表达值，可以复制到EXCEL
04
Multirole regulator
点击Multirole regulator，可以查看所有基因在铁死亡中的调控，我们可以看到很多基因在铁死亡中是多重调控的
5.END
以上就是Ferrdb V2数据库的全部使用方法啦~数据库每半年就会更新一次，更多的功能小伙伴们可以进一步探索探索。
最后推荐几篇引用了该数据库的文献大家可以学习一下思路：
Wu J, Cai H, Lei Z, Li C, Hu Y, Zhang T, Zhu H, Lu Y, Cao J, Hu X. Expression pattern and diagnostic value of ferroptosis-related genes in acute myocardial infarction. Front Cardiovasc Med. 2022 Nov 3;9:993592. doi: 10.3389/fcvm.2022.993592. PMID: 36407421; PMCID: PMC9669064.
Song J, Ren K, Zhang D, Lv X, Sun L, Deng Y,
Zhu H. A novel signature combing cuproptosis- and ferroptosis-related genes in
sepsis-induced cardiomyopathy. Front Genet. 2023 Mar 23;14:1170737. doi:
10.3389/fgene.2023.1170737. PMID: 37035738; PMCID: PMC10076593.
Liu P, Zhao D, Pan Z, Tang W, Chen H, Hu K.
Identification and validation of ferroptosis-related hub genes in obstructive
sleep apnea syndrome. Front Neurol. 2023 Mar 2;14:1130378. doi:
10.3389/fneur.2023.1130378. PMID: 36937508; PMCID: PMC10018165.
Wang Y, Chen G, Shao W. Identification of
Ferroptosis-Related Genes in Alzheimer's Disease Based on Bioinformatic
Analysis. Front Neurosci. 2022 Feb 7;16:823741. doi: 10.3389/fnins.2022.823741.
PMID: 35197821; PMCID: PMC8858973.
作者开发维护数据库不易~大家引用的时候记得引用作者的文献
参考文献：Zhou N, Yuan X, Du Q, Zhang Z, Shi X, Bao J, Ning Y, Peng L. FerrDb V2: update of the manually curated database of ferroptosis regulators and ferroptosis-disease associations. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D571-D582. doi: 10.1093/nar/gkac935. PMID: 36305834; PMCID: PMC9825716.
