北京大学张泽民院士开发的生信在线分析工具，已有两千多篇文章引用，出图美观，操作简单！

 

TCGA中存放的不同类型癌症的各类组学公开数据为科研人员进行数据挖掘和深入了解基因功能提供了宝贵的机会。对于没有编程基础的小伙伴，现在有很多在线平台都非常好用。

 

今天给大家分享一个被高频引用的在线工具：GEPIA2

 

GEPIA被引文献数

 

数据库介绍

 

GEPIA2数据库由北京大学张泽民教授团队开发，存放的数据来自TCGA和GTEx（Genotype-Tissue Expression，），由于在TCGA中的normal样本偏少，部分癌症的RNA-seq甚至没有匹配的normal组织样本，因此纳入GTEx的normal组织样本可以对TCGA进行一个互补。

GEPIA2主要有两大功能：Expression Analysis和Custom Data Analysis。在Expression Analysis中以RNA-seq表达量信息为主可以进行八大类分析，而Custom Data Analysis则支持上传本地癌症RNA-seq数据与TCGA和GTEx的样本进行比较。

不会代码的小白，完全可以用这个数据库轻松解决肿瘤方向基因表达和预后。

 

 

 

GEPIA2的主要功能：

 

肿瘤类型分析

基因表达分析

肿瘤预后生存分析

 

 

 

功能详解：

 

 

首先进入GEPIA2

地址：http://gepia2.cancer-pku.cn/#index

 

如果你有想研究的基因

在此处输入基因或ID (ensembl ID) ，点击“ GoPIA”按钮来搜索感兴趣的基因。

 

 

1.对目的基因的表达量分析

 

 

2.查找特定肿瘤中的不同基因差异表达情况

 

输入肿瘤类型，即可以列出肿瘤中一些基因在tumor和normal中表达的差异。

 

 

3.表达分析DIY

 

 

 

可以查找靶基因在对应肿瘤中的表达情况，以及靶基因在对应肿瘤不同阶段的表达差异，绘制成箱型图小提琴图等。也可以做多基因比较

 

4.生存分析

 

 

5.了解目标基因的亚型以及在不同癌种中的表达情况

 

 

6、两个基因之间的相关性分析

 

分析两个基因之间的相关性，其实这一功能也可用于靶基因和潜在转录因子之间的分析；当你知道靶基因的潜在转录因子，但是不知道是促进表达还是抑制表达，可以用这个功能查看（当然这只是相关性，并不一定能反应两者之间的调控关系，需要你自己更多的数据去分析）

 

6、查看基因的相似基因

 

 

7. 主成分分析（PCA分析）

 

 

 

 

 

END

 

 

如果你没有目标基因或者不清楚目标基因对应肿瘤的相关信息是，可以试试这个数据库，会给你提供一些帮助。结合以上的分析找到一些关键基因，后续还可以做富集分析等，你的课题基础就有啦。